组合技的伤害输出取决于忍者技能搭配、释放时机以及敌人状态。根据实测数据，S级忍者如九喇嘛鸣人、死门凯、木叶创立斑等凭借高爆发技能组合，能够造成显著高于其他忍者的伤害。九喇嘛鸣人的风遁与尾兽玉融合技、死门凯的八门遁甲连招以及木叶创立斑的须佐能乎与火遁组合，均属于游戏内顶尖伤害技能范畴。
组合技的伤害机制与忍者属性密切相关。宇智波佐助的炎遁加具土命与漩涡鸣人的风遁螺旋手里剑融合形成的灼遁光轮疾风漆黑矢零式，在动画原作中曾对十尾造成重创，游戏内也还原了这一设定，其伤害判定范围广且附带持续灼烧效果。类似的高伤害组合技还包括威装须佐能乎，通过九尾与须佐盔甲叠加，同时提升防御与攻击判定，但需注意该技能对查克拉消耗较大。
平民玩家可通过合理搭配B级或A级忍者实现接近S忍的组合技效果。鹿丸的影子模仿术与火遁系忍者的联动，或疾风传手鞠的镰鼬之术与风主刷新技能的配合，虽单次伤害略低，但通过连击叠加可弥补差距。部分组合技受地形限制，如仙法五右卫门需占据高地才能发挥最大威力，而火遁暴风乱舞则依赖神威的空间扭曲效果增强范围。
实战中，提升组合技伤害需关注三点：一是优先升级核心技能等级，确保基础伤害数值；二是利用敌人虚弱状态释放连招，例如控制类技能命中后的短暂窗口期；三是装备与符文选择需适配忍者属性，如暴击加成对高连击数技能收益显著。部分组合技如太极螺旋丸依赖特定角色联动，需提前规划阵容搭配。
死门凯的八门全开虽能瞬间清场，但会大幅降低自身生存能力；而宇智波带土的火遁暴风乱舞若未命中则易陷入技能真空期。建议玩家通过训练场熟悉技能前摇与后摇，并结合决斗场实战调整释放节奏，以平衡输出与容错率。
