通关主线剧情后，游戏会解锁一系列高难度挑战玩法，其中最具代表性的是巴别塔和深蓝战域。巴别塔采用多层动态难度设计，每层关卡会叠加特殊环境效果，例如全队持续掉血或攻击力衰减，需要根据敌人特性灵活调整阵容。深蓝战域则侧重元素抗性机制，要求玩家培养多属性队伍应对不同副本的克制需求，冰队、雷队等元素组合的练度将成为通关关键。
隐藏剧情与间章挑战是通关后的另一核心内容。部分角色的间章会解锁隐藏关卡，例如曲简章需要按特定顺序消除红、蓝、黄球触发隐藏剧情，而露西亚间章则需击败特殊敌人获取大招技能。这些关卡往往包含碎片化叙事，补充主线未提及的角色背景故事。边界公约等支线玩法会提供独特的单人挑战关卡，要求玩家使用指定角色完成高精度操作，解锁成就奖励。
终阶解放功能需要为角色共鸣12个六星意识，解锁额外的信号球和头像奖励；独域机体则引入远程链接机制，指挥官需承受精神负荷操控这类高危单位。辅助机系统为S级角色提供专属技能加成，例如深痕的辅助机可强化爆发输出。资源分配上建议优先完成拟战场域和指导任务，高效获取超频材料与指挥官经验。
PVP向玩法如纷争战区和幻痛囚笼是长期挑战目标。战区每周更新两期属性克制关卡，需要冰队、物理队等多元阵容应对；囚笼终极区开放离群点成就，通过兑换角色碎片可提升SSS评级。版本活动如厄愿潮声会定期推出限时解谜玩法，结合剧情探索与战斗挑战获取收藏品和研发券。这些内容通过动态难度和排行榜机制维持游戏长线可玩性。
宿舍系统可通过执勤和家具制造获取体力瓶等资源，公会玩法则提供联合绩点兑换超频材料。涂装收集方面，部分活动限定特效皮肤需通过逆光矩阵抽取，而音乐系统收录的角色主题曲可作为战斗背景自定义。这些轻度内容为高强度战斗提供了调剂空间。
